COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 2.417714 2.417714 1.970968
2021-07-06 17:00:00 1.955500 1.955500 1.928022
2021-07-05 17:00:00 2.139991 2.139991 1.899885
2021-07-04 17:00:00 1.923810 1.923810 1.888271
2021-07-03 17:00:00 1.644493 1.644493 1.857612
2021-07-02 17:00:00 1.714347 1.714347 1.837400
2021-07-01 17:00:00 1.908265 1.908265 1.825152

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 3.424658 3.424658 2.419489
2021-07-06 17:00:00 2.917772 2.917772 2.418253
2021-07-05 17:00:00 1.871658 2.631579 2.387384
2021-07-04 17:00:00 1.460280 1.460280 2.342639
2021-07-03 17:00:00 1.351351 2.339181 2.292411
2021-07-02 17:00:00 1.721557 1.721557 2.232055
2021-07-01 17:00:00 4.694836 2.676056 2.260409

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 5.286344 5.286344 3.572312
2021-07-06 17:00:00 3.381643 3.381643 3.508348
2021-07-05 17:00:00 2.173913 0.452489 3.305520
2021-07-04 17:00:00 3.797468 3.797468 3.541023
2021-07-03 17:00:00 5.045872 5.045872 3.741946
2021-07-02 17:00:00 1.465201 1.465201 3.754775
2021-07-01 17:00:00 7.142857 7.142857 4.088751

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 2.027748 2.027748 1.577953
2021-07-06 17:00:00 1.305221 1.305221 1.557931
2021-07-05 17:00:00 2.040816 0.634737 1.531073
2021-07-04 17:00:00 1.552393 1.552393 1.569760
2021-07-03 17:00:00 3.311650 3.311650 1.594843
2021-07-02 17:00:00 0.732394 0.732394 1.615714
2021-07-01 17:00:00 1.453175 1.453175 1.613801

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 11.298207 5.920695 5.874292
2021-07-06 17:00:00 5.270864 5.270864 5.998382
2021-07-05 17:00:00 7.789233 6.047157 6.211437
2021-07-04 17:00:00 5.702436 5.702436 6.296887
2021-07-03 17:00:00 7.066599 7.066599 6.361262
2021-07-02 17:00:00 5.587229 5.587229 6.393080
2021-07-01 17:00:00 4.969810 4.969810 6.505330

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 4.108681 4.108681 3.948901
2021-07-06 17:00:00 3.023118 3.023118 3.932563
2021-07-05 17:00:00 8.226950 4.135472 3.968769
2021-07-04 17:00:00 4.605846 4.605846 4.015669
2021-07-03 17:00:00 4.606662 4.606662 4.052544
2021-07-02 17:00:00 3.463855 3.463855 4.091306
2021-07-01 17:00:00 4.375897 4.375897 4.147450

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 2.455357 1.395089 1.881614
2021-07-06 17:00:00 1.625000 1.625000 1.877871
2021-07-05 17:00:00 0.576369 3.602305 1.852640
2021-07-04 17:00:00 1.829268 1.829268 1.779259
2021-07-03 17:00:00 1.434720 1.434720 1.718913
2021-07-02 17:00:00 2.896552 2.896552 1.699806
2021-07-01 17:00:00 2.060440 2.060440 1.712355

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 3.676211 3.676211 2.771451
2021-07-06 17:00:00 1.428923 2.050194 2.700165
2021-07-05 17:00:00 3.336013 3.336013 2.626413
2021-07-04 17:00:00 2.618297 2.618297 2.637050
2021-07-03 17:00:00 2.639752 2.639752 2.593274
2021-07-02 17:00:00 2.540691 2.540691 2.590407
2021-07-01 17:00:00 2.538787 2.538787 2.585285

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 1.477105 0.775480 0.612663
2021-07-06 17:00:00 0.443599 0.443599 0.608038
2021-07-05 17:00:00 1.098901 0.518975 0.635495
2021-07-04 17:00:00 0.781250 0.781250 0.649156
2021-07-03 17:00:00 0.362319 0.362319 0.641354
2021-07-02 17:00:00 0.729927 0.729927 0.647402
2021-07-01 17:00:00 0.761421 0.761421 0.657473

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 0.885740 1.151461 1.139929
2021-07-06 17:00:00 1.150758 1.150758 1.141081
2021-07-05 17:00:00 0.846052 1.146667 1.138841
2021-07-04 17:00:00 1.109229 1.109229 1.132386
2021-07-03 17:00:00 0.911458 1.218663 1.123851
2021-07-02 17:00:00 1.078431 1.078431 1.118716
2021-07-01 17:00:00 1.091405 1.091405 1.123206

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 4.593640 4.593640 3.028368
2021-07-06 17:00:00 4.382022 4.382022 2.834358
2021-07-05 17:00:00 1.173021 0.414723 2.627127
2021-07-04 17:00:00 3.565217 3.565217 2.462516
2021-07-03 17:00:00 3.579418 3.579418 2.317856
2021-07-02 17:00:00 2.975558 2.975558 2.176617
2021-07-01 17:00:00 4.655870 1.417004 2.031693

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 2.312139 0.578035 0.333994
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.310077
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.285564
2021-07-04 17:00:00 0.681818 0.681818 0.291311
2021-07-03 17:00:00 0.300300 0.300300 0.325792
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.364764
2021-07-01 17:00:00 0.373134 0.373134 0.435789

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 3.333333 3.333333 2.564340
2021-07-06 17:00:00 5.660377 2.264151 2.636716
2021-07-05 17:00:00 1.234568 1.234568 2.642670
2021-07-04 17:00:00 3.809524 3.809524 2.592599
2021-07-03 17:00:00 3.196347 3.196347 2.657726
2021-07-02 17:00:00 3.252033 3.252033 2.679939
2021-07-01 17:00:00 5.577689 1.792829 2.684398

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 0.867679 0.867679 0.709222
2021-07-06 17:00:00 0.214133 0.214133 0.731608
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.719950
2021-07-04 17:00:00 1.077199 1.077199 0.714203
2021-07-03 17:00:00 0.344828 0.604230 0.697364
2021-07-02 17:00:00 1.026393 1.026393 0.712573
2021-07-01 17:00:00 0.863558 0.863558 0.708579

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 0.993271 0.993271 0.751720
2021-07-06 17:00:00 0.845948 0.845948 0.734876
2021-07-05 17:00:00 0.649070 0.649070 0.715455
2021-07-04 17:00:00 0.960846 0.960846 0.712630
2021-07-03 17:00:00 0.462718 0.819480 0.709409
2021-07-02 17:00:00 0.425170 0.425170 0.703243
2021-07-01 17:00:00 0.456725 0.456725 0.704824

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 3.066333 3.066333 2.920935
2021-07-06 17:00:00 4.344678 4.344678 2.931322
2021-07-05 17:00:00 1.425856 1.425856 2.805434
2021-07-04 17:00:00 5.341880 5.341880 2.818610
2021-07-03 17:00:00 2.442827 2.442827 2.801315
2021-07-02 17:00:00 2.524956 2.524956 2.851798
2021-07-01 17:00:00 3.110420 3.110420 2.825148

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 1.126126 1.126126 0.939014
2021-07-06 17:00:00 1.247031 1.247031 0.902462
2021-07-05 17:00:00 1.477833 0.489263 0.874284
2021-07-04 17:00:00 1.902174 1.902174 0.866864
2021-07-03 17:00:00 0.358102 0.358102 0.863051
2021-07-02 17:00:00 1.178689 1.178689 0.845990
2021-07-01 17:00:00 0.568182 0.568182 0.828507

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 2.710768 2.710768 3.036854
2021-07-06 17:00:00 3.442505 3.442505 2.980599
2021-07-05 17:00:00 2.255932 2.255932 2.958394
2021-07-04 17:00:00 2.888700 2.888700 3.002447
2021-07-03 17:00:00 3.544036 3.544036 2.988970
2021-07-02 17:00:00 3.400355 3.400355 2.972873
2021-07-01 17:00:00 3.068996 3.068996 2.932879

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 0.850270 0.850270 1.113896
2021-07-06 17:00:00 1.381410 1.381410 1.111684
2021-07-05 17:00:00 2.513795 0.971219 1.095131
2021-07-04 17:00:00 1.184147 1.184147 1.083840
2021-07-03 17:00:00 1.232742 1.232742 1.082029
2021-07-02 17:00:00 1.390221 1.390221 1.073421
2021-07-01 17:00:00 1.119561 1.119561 1.082594

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 1.310861 1.310861 1.359811
2021-07-06 17:00:00 0.192308 1.346154 1.364505
2021-07-05 17:00:00 1.898734 0.589971 1.341973
2021-07-04 17:00:00 2.650602 2.650602 1.339764
2021-07-03 17:00:00 1.234568 1.234568 1.412646
2021-07-02 17:00:00 1.810865 1.810865 1.487620
2021-07-01 17:00:00 0.443131 0.660066 1.538681

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 0.813008 0.813008 0.418263
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.539002
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.572586
2021-07-04 17:00:00 0.000000 0.000000 0.646234
2021-07-03 17:00:00 1.401869 0.233645 0.648993
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.723061
2021-07-01 17:00:00 1.058201 1.058201 0.795765

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-07 17:00:00 14.598540 10.218978 3.229576
2021-07-06 17:00:00 3.128023 2.668607 3.081975
2021-07-05 17:00:00 3.501946 3.501946 3.010709
2021-07-04 17:00:00 2.475479 2.475479 2.950836
2021-07-03 17:00:00 1.176051 3.343465 2.843413
2021-07-02 17:00:00 3.082747 3.082747 2.775195
2021-07-01 17:00:00 2.340426 2.340426 2.683763

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.424658 3.424658 2.419489
Basilicata 5.286344 5.286344 3.572312
Calabria 2.027748 2.027748 1.577953
Campania 11.298207 5.920695 5.874292
Emilia-Romagna 4.108681 4.108681 3.948901
Friuli Venezia Giulia 2.455357 1.395089 1.881614
Lazio 3.676211 3.676211 2.771451
Liguria 1.477105 0.775480 0.612663
Lombardia 0.885740 1.151461 1.139929
Marche 4.593640 4.593640 3.028368
Molise 2.312139 0.578035 0.333994
P.A. Bolzano 3.333333 3.333333 2.564340
P.A. Trento 0.867679 0.867679 0.709222
Piemonte 0.993271 0.993271 0.751720
Puglia 3.066333 3.066333 2.920935
Sardegna 1.126126 1.126126 0.939014
Sicilia 2.710768 2.710768 3.036854
Toscana 0.850270 0.850270 1.113896
Umbria 1.310861 1.310861 1.359811
Valle d'Aosta 0.813008 0.813008 0.418263
Veneto 14.598540 10.218978 3.229576

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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